Zgodnie z literalnym brzmieniem art.1514 Kodeksu Pracy kierownikom wyodrębnionych komórek organizacyjnych oraz osobom zarządzającym zakładem pracy w imieniu pracodawcy należy się wynagrodzenie za pracę w godzinach nadliczbowych tylko wówczas, gdy praca w nadgodzinach świadczona jest w niedzielę lub w święto, oraz tylko wówczas, gdy nie otrzymali w zamian innego dnia wolnego od pracy.Takie brzmienie przepisu nie upoważnia jednak do wyciągnięcia wniosku, że pracodawca ma prawo organizować pracę kierownikom wyodrębnionych komórek organizacyjnych w sposób zakładający regularne wykonywanie przez nich obowiązków ponad normy czasu pracy. Podkreśla się, że pracownicy zarządzający zakładem pracy w imieniu pracodawcy oraz kierownicy wyodrębnionych komórek organizacyjnych nie mogą być pozbawieni prawa do dodatkowego wynagrodzenia, w przypadku, gdy wskutek niezależnej od nich wadliwej organizacji pracy są zmuszeni do systematycznego przekraczania normalnego, obowiązującego ich czasu pracy. Jeśli więc zakres, czy rodzaj przydzielonych kierownikowi zadań pozwoli na ustalenie, iż nie są one możliwe do wykonania w normalnym czasie pracy, ale wymagają stałego jego przekraczania, to wówczas przysługiwać mu będzie wynagrodzenie za pracę w godzinach nadliczbowych (por. wyrok SN z dnia 14 grudnia 2004 r., II PK 106/04 oraz wyrok SN z 27 czerwca 1977 r., I PRN 86/77, LEX nr 14397).

Tak więc dla oceny, czy pracownikowi kierującemu wyodrębnioną komórką organizacyjną należy się wynagrodzenie za pracę w godzinach nadliczbowych trzeba w pierwszej kolejności rozważyć, czy konieczność pracy w godzinach nadliczbowych ma charakter sporadyczny, czy stały. Jeżeli w drugim przypadku, konieczność pracy w godzinach nadliczbowych wynikać będzie z wadliwej organizacji czasu pracy przez pracodawcę, to wówczas kierownikowi wyodrębnionej komórki organizacyjnej przysługiwać będzie wynagrodzenie za pracę w godzinach nadliczbowych.